Eines Tages erhalten mehrere Schüler aus Lains Klasse eine seltsame E-Mail von einer kürzlich verstorbenen Mitschülerin. Das Seltsame daran ist, dass diese augenscheinlich erst nach ihrem Suizid versendet wurde. Um dies selbst zu überprüfen und um im Zeitalter des stetigen Fortschritts und der zunehmenden Computerisierung nicht gänzlich den Anschluss zu verlieren, schaltet auch Lain ihren Rechner nach längerer Zeit mal wieder ein. Und tatsächlich hat auch sie eine Nachricht von besagter Mitschülerin erhalten, in der sie behauptet, dass ihr Körper zwar nicht mehr existiere, ihr Geist allerdings im Netz weiterlebe.
Während Lains Klassenkameraden diesen Vorfall relativ schnell wieder vergessen, fängt die ohnehin schon stille und zurückgezogene Lain jedoch an, sich intensiver mit dem Ganzen auseinanderzusetzen und rüstet ihre veraltete Computerhardware Stück für Stück auf. Um aber nicht gänzlich den sozialen Anschluss zu verlieren, bringen ihre Freunde Lain dazu, eines Abends mit ihnen einen Nachtclub zu besuchen. Während Lain denkt, sie würde das erste Mal dieses Lokal betreten, scheint es so, als würden viele Leute sie dort bereits kennen – als wäre sie geradezu ein Stammgast. Sie sprechen von einer ganz anderen, selbstbewussten Lain. Liegt da eine Verwechslung vor oder wieso kann sie sich anscheinend nicht daran erinnern?
Dies bleibt fortan nicht die einzige Frage, die sich Lain immer wieder stellt, denn auch mit dem Wired, einer Art Verknüpfung zwischen Netz und Realität, scheint sie eine Vorgeschichte zu haben.
